В ходе анализа существующей экспозиции и помещения музея, было решено разделить экспозиционное пространство на два зала. Первый зал содержит экспонаты, относящиеся к дореволюционному времени. Второй зал представляет новую историю и «современность».

Разница временных эпох нашла отражение в образном решении пространства залов. Небольшая высота и преобладание теплой фактуры дерева в отделке «исторического» зала делает его уютным и камерным. Главным элементом этого пространства является каюта капитана, в которой располагается характерная корабельная атрибутика. Стена каюты, граничащая с коридором, оборудована иллюминатором, через который можно разглядывать капитанский быт, проходя мимо музея.

Если первый зал представляет собой камерное пространство, то входя во второй зал, мы попадаем на «палубу корабля». Здесь просторно, высокий потолок. Треть помещения разделена на два уровня «мостиком», что дает возможность разместить большее количество экспонатов, и максимально расчистить середину зала для свободного движения посетителей. Под антресолью расположены ниши с макетами и стенды с выдвижными панелями. Вдоль стен установлены стеллажи с опускающимися панелями и электронная карта Енисея с его притоками. Завершает экспозиции под антресолью тематическая выставка, посвященная ОАО «Норильский никель».

На верхнем уровне вдоль стен располагаются фотоматериалы и исторические документы, а комната машинного отделения и штурвал, являются центральным элементом этого пространства. Интерьер зала новой истории решен холодных тонах и материалах, заимствованных из пароходной тематики (крашеный металл в конструкциях антресоли и стендов, наливной пол, имитирующий только что вымытую палубу). Удобное, компактное и максимально емкое экспозиционное оборудование музея позволило высвободить пространство для размещения будущих экспонатов.